كنترل كیفیت فرآیند استخراج DNA ژنومی از خون به روش ستونی:
کنترل کیفیت (QC) DNA فرآیند ارزیابی کمیت، خلوص و سالم بودن DNA ژنومی است. بعد از اتمام استخراج DNA از نمونه ، DNA به جهت کیفیت مورد بررسی قرار می گیرد تا از خلوص ماده ژنتیکی استخراج شده به لحاظ عاری بودن از آلودکی پروتئینی یا حلال های آلی اطمینان حاصل شود. همچنین DNA از جهت سالم بودن آن مورد بررسی قرار می گیرد، به این دلیل است که DNA ژنومی در طول جداسازی ممکن است خرد شده باشد ، و این DNA از قبل تکه تکه شده نامناسب است و منجر به ایجاد اختلال در واکنش های پایین دست می شود. QC اسید نوکلئیک معمولاً شامل بررسی های کمی و کیفی است.
تعیین کمیت اسید نوکلئیک برای به دست آوردن نتایج دقیق و قابل اعتماد در بسیاری از سنجش‌های زیست‌شناسی مولکولی مانند PCR (واکنش زنجیره‌ای پلیمراز) و واکنش‌های PCR ضروری است. مقادیر کم الگو می‌تواند منجر به این شود که نتیجه ای مشاهده نشود بنابراین شما پاسخ منفی کاذب خواهید داشت. علاوه بر این مورد حضور بازدارنده‌ها یا ترکیبات شیمیایی که در طی فرآیند جداسازی اسید نوکلئیک استفاده می‌شوند یا ناخالصی‌های باقی‌مانده مشتق شده از مواد نمونه اصلی می تواند منجر به عدم مشاهده نتیجه مناسب در واکنش های پایین دست شود. غلظت و کیفیت اسید نوکلئیک را می‌توان با استفاده از روش مختلف ارزیابی کرد که رایج ترین روش های اندازه‌گیری شامل اندازه گیری با استفاده نانودراپ و الکتروفورز ژل آگارز می باشد.
در قسمت قبلی توضیح دادیم که با استفاده از کیت استخراج DNA از خون به روش ستونی که محصولی وارداتی از کمپانی Favorgen تایوان است چطور روند استخراج DNA از خون را طی کنید. در این قسمت به کنترل کیفیت پروسه استخراج DNA از خون میپردازیم.
در نظر داشته باشید که کیت های کمپانی Favorgen تایوان دقیقا مشابه با نمونه های اروپایی تولید شده است.
پس از استفاده از کیت استخراج DNA از خون باید به کنترل کیفیت فرآیند انجام شده بپردازید.
تعیین کمی مقدار DNA استخراج شده با استفاده از کیت استخراج DNA از خون بوسیله دستگاه نانودراپ انجام می شود. نمونه های DNA با نسبت 260/280 بالای 1.7 و نسبت 260/230، به مقدار 2.2 دارای خلوص قابل قبول از نظر كيفيت DNA می باشند. همچنین جهت تعیین کیفیت نمونه هایDNA می توان این نمونه ها را بر روی ژل آگاروز 1% برده و وجود نمونه سالم و بدون اسمیر چک شود. (وجود اسمير نشان دهنده ي خورد شدن DNA مي باشد).
نحوه محاسبه نتیجه فرایند استخراج DNA به روش كمی:
با استفاده از دستگاه Nanodrop کمیت و کیفیت نمونه DNA بررسی میشود. (HORC-UB-W-30-00)
محدوده مرجع:
غلظت نمونه DNA به ازای 200µl خون كامل 5-50µg ميباشدکه بستگی به نوع نمونه و تعداد سلولها دارد. 260/280: 1.7-2.0 و 260/230: 1.7-2.2 قابل قبول می باشد.
OD260: جذب نوری نمونه مورد آزمایش در طول موج 260 نانومتر است. جذب نوری DNA بطور اختصاصی در این طول موج بررسی می شود.
OD280: جذب نوری نمونه مورد آزمایش در طول موج 280 نانومتر است. جذب نوری پروتئین بطور اختصاصی در این طول موج بررسی می شود.
OD230: جذب نوری نمونه مورد آزمایش در طول موج 230 نانومتر است. جذب نوری RNA ،EDTA ، فنل، گوانیدین تیو سیانات و کربوهیدراتها در این طول موج بررسی می شود.
محدوده قابل گزارش در کنترل کیفیت استخراج DNA ژنومی:
غلظت نمونه DNA بالای 10ng/µl، با نسبت 260/280 مقدار 1.7-2.0 و نسبت 260/230 مقدار 1.7-2.2 قابل قبول می باشد.
محدوده هشدار در کنترل کیفیت استخراج DNA ژنومی:
غلظت نمونه DNA پايين تر از 10ng/µl و OD260/OD280 پایین تر از 1.7 و OD260/OD230 پایین تر از 1.7 مناسب نمی باشد.
پس از انجام فرایند استخراج DNA ژنومی و کنترل کیفیت ممکن است با موارد غیر طبیعی رو به رو شوید و یکتاتجهیزآزما سعی بر آن دارد نکات فنی مهم را به شرح و با جزییات کامل جهت سهولت کاربران کیت استخراج DNA از خون توضیح میدهد.
در مجموع، مراحل استخراج DNA را بازنگری کنید و با مطالعه دقیق علت یابی مشکلات فنی کیت استخراج DNA از خون به رفع عیوب ممکنه در مراحل استخراج DNA بپردازید.
