اهمیت پردازش و اصلاح RNA در گیاهان

RNA پیام رسان (mRNA)

RNA پیام رسان (mRNA) ، اغلب به عنوان یک کپی از اطلاعات موجود در یک ژن ارائه می شود (مرحله ای میانی در مسیر ساخت پروتئین از DNA) . با این حال ، در طول رونویسی ، مولکول‌های mRNA نارس (pre-mRNA) تحت طیف وسیعی از رویدادهای پردازشی قرار می‌گیرند تا mRNA‌های بالغ را شکل دهند که عبارتند از اتصال اگزون ها و اینترون ها ، انتخاب محل های شروع `5 و انتهای `3 و افزودن یک دم پلی (A) که می تواند از نظر طول متفاوت باشد. انتخاب های انجام شده در طول پردازش قبل از mRNA ، می تواند بر سرنوشت mRNA ها تأثیرگذار باشد. با افزودن یا حذف عناصر تنظیمی ، که می توان پروتئین ها را به آن ها متصل کرد، سرنوشت mRNA ها قابل تغییر است. در گیاهان ، پردازش RNA در تنظیم مسیرهای اصلی رشد بسیار مهم است. به عنوان مثال ، گیاهان باید چندین نشانه محیطی از جمله طول روز و دما را برای انتخاب زمان تولید گل ادغام کنند. بسیاری از پروتئین‌هایی که این فرآیند متعادل را تنظیم می‌کنند ، این کار را با تغییر در پردازش mRNA‌های کدکننده ی فاکتورهای رونویسی اصلی انجام می‌دهند.

اهمیت استخراج  RNA با کیفیت بالا از بافت های گیاهی

استخراج RNA با کیفیت بالا یک مرحله اساسی برای مطالعات بیان ژن می باشد. از RNA ، به طور گسترده در مطالعات الگوهای بیان ژن در گیاهان مختلف استفاده می شود. انواع و مقدار RNA در گیاهان ، به بیان ژن های خاصی بستگی دارد که منجر به یک فنوتیپ خاص می شود. بدست آوردن مقدار کافی RNA خالص برای توالی یابی نسل بعدی رونوشت ها ، چالش برانگیز است. استخراج RNA با کیفیت بالا ، به ویژه در زمانی که نمونه‌های گیاهی حاوی سطوح بالایی از RNAase هستند ، پیچیده ‌تر می باشد. مقادیر زیاد پلی ساکاریدها ، انواع فنولیک ها مانند تنیس و بافت های فیبری مانند لیگنین (چوب) در گیاهان ، به سختی حذف و لیز می شوند. مواد فنلی (به عنوان مثال پلی ساکاریدها و پلی فنل ها) به طور برگشت ناپذیری با پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک متصل می گردند و منجر به اکسیداسیون و تخریب می شوند که این امر آن ها را برای کاربردهای پایین دستی نامناسب می کند. استخراج  RNA  از بافت های گیاهی به دلیل وجود این متابولیت های ثانویه دشوار می باشد و به همین دلیل است که پروتکل های استخراج  RNA نیاز به اصلاح دارند. بسیاری از روش های استخراج RNA در گونه های مختلف گیاهی توسعه یافته اند. به دلیل تنوع تکنیک های استخراج و کیفیت محصولات آن ها ، تجزیه و تحلیل مقایسه ای ژنوم ها انجام می شود. رونویسی در دودمان گیاهی و انواع بافت های گیاهی هم چنان چالشی برای محققان تکامل گیاهی محسوب می شود. اکثر روش های جداسازی RNA  به دلیل وجود پلی ساکاریدها و پلی فنل ، توان عملیاتی کمی دارند. روش  Real-time PCR به عنوان یک روش تحلیلی مورد استفاده قرار می گیرد و به دلیل حساسیت و دقت بیشتر آن نسبت به روش PCR معمولی ، کیفیت RNA استخراج شده از اهمیت بالایی برخوردار می باشد.

استفاده همزمان از ترایزول و کیت استخراج RNA ستونی

با در نظر گرفتن موارد ذکر شده ، شرکت یکتا تجهیز آزما ، علاوه بر روش مرسوم استخراج RNA توسط  محلول YTzol  (یکتا تجهیزآزما) ،  روش ادغامی کیت استخراج Total RNA extraction mini kit  و محلول YTzol   یکتا تجهیزآزما ، را نیز پیشنهاد می دهد. در این روش ادغامی ، استخراج RNA از بافت های گیاهی به روش رسوبی (محلول  YTzol Pure RNA  شرکت یکتا تجهیزآزما) انجام می شود و در ادامه با روش ستونی ( توسط کیت استخراج Total RNA extraction mini kit) با کمک ستون هایی با غشای سیلیکایی و بافرهای شستشو پیش می رود . با ادغام این دو روش ، قادر به استخراج RNA با خلوص بالا (به کمک ستون های موجود در کیت) و مقدار محصول بالا ( YTzol pure RNA )، از بافت های گیاهی خواهید بود.