استخراج DNA از ژل
پیشتر در مقالات گذشته به خلاصه ای از تکنیک الکتروفورز پرداختیم. در این مقاله سعی داریم برای آشنایی کاربر ابتدا به شرح خلاصه ای از تکنیک الکتروفورز بپردازیم و سپس وارد مرحله ی استخراج DNA از ژل و تخلیص محصول PCR شویم :
تکنیک الکتروفورز
تکنیک الکتروفورز یکی از روش های مرسوم ، کم هزینه ، دقیق و اقتصادی برای جداکردن مولکولهای باردار می باشد . این جداسازی و تفکیک مولکول ها بر اساس اندازه، بار و با توجه به جرم مولکولی آنها صورت می گیرد . در یک نگاه اجمالی به مراحل اصلی این روش به این گونه می باشد که با ایجاد جریان در ژل الکتروفورز ، دو سوی ژل دارای دو قطب مخالف مثبت و منفی می گردد که در نهایت منجر به حرکت مولکول های باردار به سوی قطب مخالف خود می شود که این حرکت مولکول ها با اسم مهاجرات نیز خوانده می شود و علت به وجود آمدن این مهاجرت چیزی جز ساختار ماتریکس نفوذ پذیر ژل نیست که توانایی حرکت به مولکول ها را می دهد تا از منافذ موجود در ژل ، عمل رفت و آمد را انجام دهند .
همانطور که در بالا اشاره شد روند این تکنیک بر مبنای جریان الکتریکی می باشد که سبب تفکیک مولکول ها می شود . اساس کار این تکنیک اعمال جریان الکتریکی است که منجر به جداسازی و شناسایی مولکول ها می شود . همان طور که ذکر گردید ، بکارگیری این تکنیک در آزمایشگاه های مولکولی و بیوشیمی جهت تفکیک مولکولهای باردار مانند RNA ، DNA و پروتئین ها می باشد . ژلی که برای این تکنیک استفاده می شود از پودر آگارز و یا پلی آکریلامید است مزیت ساختاری این ژل ها به دلیل منفذر دار بودن آن ها است که این ویژگی باعث حرکت مولکول ها با اندازه های مختلف می شود . گاهی اوقات بر حسب نیاز کاربر برای عبور مولکول های کوچک به منافذ کوچیک تر و برای عبور مولکول های بزرگ به منافذ بزرگ تر در ژل الکتروفورز نیاز دارد ، بنابراین جهت کوچک تر و یا بزرگ تر کردن منافذ این ژل ها ، با رقیق تر و یا غلیظ کردن آن ها به هدف خود نزدیک می شود .
کاربرد تکنیک الکتروفورز
اصلی ترین کارایی این تکنیک در آزمایشگاه های مولکولی و بیوشیمی بر اساس دو هدف تقسیم بندی می شود : ابتدا جهت تفکیک سازی مولکولهای DNA که همین مولکول های DNA نیز معمولا یا به وسیله ی کیت استخراج DNA خالص سازی شده اند و یا به صورت محصول PCR ، محصول ریل تایم ( Real time) و یا بصورت کلونیگ ژل هستند .سپس مرحله ی الکتروفورز اتفاق می افتد که جهت بررسی ، پژوهش و مطالعه ی کیفیت محصول PCR مورد استفاده قرار بگیرد .
قطر منافذ بزرگ در ژل آگاروز بین ۱۰۰ تا ۵۰۰ نانومتر است که برای تفکیک مولکول های DNA با طول بالا متناسب می باشد . شایان ذکر است که از این روش برای جداسازی پروتئین‌ها نیز استفاده می شود ، ولی به طور کلی تکنیک رایج برای جداسازی پروتئین‌ها ، کروماتوگرافی است . به هر حال روش ژل الکتروفورز نیز طرفداران خاص خود را دارد که دلیل آن ساده بودن روش و اقتصادی بودن آن برای کاربران آزمایشگاهی می باشد . در اینجا لازم است توجه داشته باشید که روشی که برای جداسازی پروتئین ها مورد استقبال قرار می گیرد ، تکنیک الکتروفورز ژل پلی آکریلامید است که قطر منافذ آن بین 10 تا 200 نانومتر و متناسب جهت تفکیک پروتئین‌ها است . این تکنیک ، PAGE نیز خوانده می شود که اساس آن سایز پروتئین ها است .
کیت استخراج DNA از ژل و تخلیص محصول PCR
کیت استخراج از ژل و تخلیص محصول PCR ، پس از مراحل الکتروفورز مورد استفاده ی کاربر قرار می گیرد . از ویژگی های این کیت دو منظوره بودن آن است که محصول شرکت Favorgen تایوان و در بسته بندی 50 تستی در انبار شرکت یکتاتجهیزآزما موجود می باشد . همانطور که اشاره شد ویژگی کیت استخراج از ژل و تخلیص محصول PCR دو منظوره بودن آن است به طوری که به طور همزمان کاربر می تواند عمل استخراج DNA از ژل و نیز تخلیص محصول PCR و یا دیگر واکنش های آنزیمی را انجام دهد .
اساس کار این کیت ستونی بوده و با استفاده از آن کاربر می تواند خالص سازی قطعات از 10kb تا 65kb را انجام دهد . همچنین با استفاده از این کیت ، کاربر ، توانایی ریکاوری 70 تا 85 درصد از ژل آگارز و 90 تا 95 درصد از محصول PCR را دارد.
