آگارز

ژل آگارز چیست ؟

آگارز یک پلی ساکارید است که از جلبک دریایی قرمز به دست می آید و به گونه ای فرآوری شده است که آگاروپکتین (agaropectin) حذف شده است. در زیست شناسی مولکولی ، این محصول جدا شده و خالص سازی شده با نام آگارز شناخته می شود. ترکیب مولکولی آگارز ، که به نوعی شبیه یک توری عمل می کند ، به کاهش سرعت حرکت DNA کمک می کند تا جایی که قطعات کوچکتر سریعتر از ژل آگارزعبور می کنند و قطعات بزرگتر  آهسته تر حرکت کرده و عبور می کنند. با چشم غیرمسلح ، ژل آگارز مانند یک ماده شفاف و ژلاتینی به نظر می رسد.

با این حال ، در سطح مولکولی ، ژل آگارز بیشتر شبیه یک ماده متخلخل یا mesh است. آگارز یک پلی ساکارید خنثی است که از دیواره سلولی جلبک های دریایی به ویژه جلبک قرمز استخراج و خالص سازی می شود. از نظر ساختاری ، یک پلیمر طبیعی بوده  که از واحدهای متناوب  β-D-galactoseو 3,6-anhydro-L-galactose تشکیل شده است. آگارز استاندارد در ترکیب با تمام بافرهای استاندارد در حال اجرا ، ژل های بسیار شفافی را تشکیل می دهد که منجر به جدایی واضح مولکول های زیستی از جمله اسید های نوکلئیک و پروتئین و … می شود. آگارز بسیار خالص ، با تداخل بسیار کم به معرف های رنگ آمیزی متصل می شود که پس از رنگ آمیزی پس زمینه کم و ظاهر کنتراست بالا ایجاد می کند. پلیمر خطی آگارز زنجیره‌هایی را تشکیل می‌دهد که انعطاف‌پذیر هستند و بسته به مقدار آگارز مورد استفاده ، شبکه‌ای از کانال‌هایی با قطرهای 50 نانومتر تا 200 نانومتر را تشکیل می‌دهند. عدم وجود سمیت آگارز ، کار با آن را بسیار ساده و ایمن کرده است.

از کاربردهای مختلف ژل آگارز :

• الکتروفورز اسید نوکلئیک (nucleic acid electrophoresis)
• تکنیک های ایمونودیفیوژن (immunodiffusion techniques)
• صفحات ژل (gel plates)
• پوشش برای سلول ها در کشت بافت
• سنجش بلاتینگ (Blotting assays)
• محیط کشت سلولی (cell culture media)
• کروماتوگرافی ژل (gel chromatography)
• affinity chromatography
• کروماتوگرافی تبادل یونی (ion-exchange chromatography)

الکتروفورز ژل آگارز یک روش معمول آزمایشگاهی ، جهت جداسازی مولکول های بیولوژیکی بر اساس اندازه آن ها می باشد ، به عنوان مثال در جداسازی مولکول های DNA کاربرد دارد. در طول یک دوره خاص که در آن ژل آگارز اجرا می شود ، محققان قادر خواهند بود قطعات بزرگتر DNA را از قطعات کوچکتر DNA ، با بررسی میزان حرکت نمونه ها به سمت پایین ژل آگارز تشخیص دهند. نزدیکترین نوارها به چاهک ها که خیلی از آن ها فاصله نگرفته اند ، قطعات بزرگتری از DNA هستند که کندتر حرکت می کنند. با استفاده از نشانگر وزن مولکولی یا DNA ladder ، محققان می توانند نمونه قطعه DNA خود را در برابر standard ladder ، اندازه گیری کنند.

Agarose LE (low electroendosmosis)  به چه معناست؟

پلیمر آگارز حاوی گروه های باردار ، به ویژه پیروات و سولفات است. این گروه‌های دارای بار منفی می‌توانند حرکت مولکول‌های DNA را در فرآیندی به نام electroendosmosis (EEO) کند و آهسته کنند و بنابراین آگارز LE (low electroendosmosis) برای الکتروفورز تحلیلی و آماده سازی اسیدهای نوکلئیک در ژل آگارز استاندارد مناسب بوده و ترجیح داده می شود. محدوده اندازه مناسب جداسازی اسید نوکلئیک با آگارز LE حدودا بین  0.2-15 Kbp، بسته به غلظت آگارز LE می باشد. آگارز Low EEO باعث افزایش تحرک الکتروفورتیک می شود و وضوح و شفافیت ژل بهبود پیدا می کند و در نهایت زمان اجرای کوتاه تری را به همراه دارد. همچنین ، این نوع از آگارز به ماکرومولکول ها و ذرات بزرگتر (قطعات زیر سلولی ، ویروس ها و غیره) اجازه می دهد تا آزادانه تر از طریق ماتریکس ژل مهاجرت کنند. آگارز LE (Low Electroendosmosis) با کیفیت ترین آگارز در عرصه بیولوژی مولکولی می باشد و آماده ‌سازی ژل بسیار آسان و ساده می باشد.

 Agarose LE (low electroendosmosis) در موارد زیر مناسب است:

• تجزیه و تحلیل محصولات PCR
• بررسی اندونوکلئازهای محدود کننده (restriction endonucleases)
• هضم DNA پلاسمید، کاسمید و فاژ λ

Low EEO Agarose ، جهت انجام الکتروفورز ژل آگارز و … توسط شرکت یکتا تجهیز آزما ارائه می شود و در مقادیر مختلف به بازار عرضه می گردد.

سوالات متداول